Брызгунова О. Е., Лактионов П. П. Современные методы исследования метилирования внеклеточных ДНК



Журнал: Молекулярная биология    Номер: 2     Год: 2017

Выявление важной роли метилированных цитозинов в регуляции экспрессии генов привело к разработке множества методов, предназначенных для анализа относительного уровня метилирования каждого из таких азотистых оснований. Эти методы ориентированы на исследование модификации цитозинов в составе геномной ДНК и зачастую не подходят для анализа статуса метилирования цитозинов во внеклеточных ДНК (внДНК) различных биологических жидкостей, таких как плазма крови, слюна, слеза, моча и т.д., используемых в неинвазивной диагностике онкологических заболеваний. Ограничения на использование стандартных методов возникают в силу того, что внДНК доступны в ограниченном количестве, сильно фрагментированы, и часто необходимо определять статус метилирования отдельных молекул, составляющих минорную часть пула всех внДНК. В представленном обзоре описаны основные современные методы исследования метилирования, а также возможные методы анализа гидроксиметилирования и неканонического метилирования (вне CpG-динуклеотидов), которые могут быть применены для исследования внДНК. Рассмотрены методологические подходы как к исследованию эпигенетических модификаций отдельных локусов ДНК, так и масштабному, в том числе полногеномному исследованию метилирования внДНК.

Ключевые слова: метилирование, гидроксиметилирование, не-CpG-метилирование, внеклеточная ДНК, эндонуклеазы рестрикции, эмульсионная ПЦР, микрочипы.